Alterei apenas o horário de um professor em uma turma, como impeço que o programa altere todo o horário?

Você deve utilizar a opção “Liberdade”, do menu “Horário”, nele você informa ao programa o que ele pode ou não alterar.
Nesse caso, você clica em “Definir os professores que podem sofrer alteração” e marca todos com exceção aquele(s) alterado(s).